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On sait peu de choses sur la carrière de cette chanteuse.
Elle est d'abord repérable à Mantoue, où elle chante Lavinia dans Il Trionfo di Camilla de Giovanni Bononcini en 1698, la Landini et Lisi Badia. Dans la même ville, elle participe en 1700 à L'Arsiade de Martinenghi, avec le castrat Romani ainsi que les contraltos Vanini et Riccioni. L'été de cette même année, Margherita se produit à Bologne dans Le Due Auguste d'Aldrovandini avec Nicolino, la Scarabelli et à nouveau Vanini ; le livret précise qu'elle est au service du duc de Mantoue. Prodocima est à Casale Monferrato en 1704 avec Anna Marchesini et Santa Stella.
La chanteuse paraît à Venise, au San Giovanni Grisostomo avec le castrat Nicolino et le castrat Matteuccio dans deux opéras de Scarlatti pour le carnaval 1707 : Il Trionfo della libertà et Mitridate Eupatore. Un poème est publié à Modène en 1708 en son honneur : signe qu'elle a peut-être chanté sur place.
Après avoir chanté à Forlì en 1710 avec la basse Ristorini, elle retrouve Venise en 1710-1711 dans Il Tiranno eroe d'Albinoni et Tamerlano de Gasparini avec la prima donna Santa Stella, le ténor Paita et les castrats Carboni et Bernacchi.
Nous n'avons plus de preuves de sa présence sur scène.

Si l'on en croit la partition de Mitridate Eupatore, Prosdocima disposait d'une voix peu étendue dans l'aigu, plutôt un mezzo-soprano, mais parfaitement maîtrisée et agile.