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On ignore quand naît Margherita, possiblement venue au monde avec le siècle, aux alentours de Naples. Elle est la sœur de la bell'Adriana (Baroni), étoile de la cour de Mantoue. Le duc de Gonzaga se réjouit au printemps 1615 :
La signora Margherita est arrivée en bonne santé ; les qualités et vertus qui resplendissent en elle lui font qu'elle pourrait recevoir partout le traitement qu'elle mérite, et je me réjouis fort de l'avoir appelée à mon service.
Très entiché de la diva, le duc la marie rapidement à Ettore Cattaneo Dadi, en la dotant richement. La cour de Mantoue peut compter sur d'excellentes forces musicales, même si Adriana se produit souvent ailleurs. Andrea Falconieri suggère de confier les compositions qu'il envoie à la cour à Margherita et Adriana, en 1615. Claudio Monteverdi peut compter sur le talent de Margherita, et écrit pour elle ce qui est peut-être le premier rôle comportant une scène de folie dans La Finta Pazza Licori, en 1626 – musique perdue. Les sœurs Basile sont pressenties pour incarner des sirènes dans Le Nozze di Tetide d'Orlandi qui ne sera finalement pas représenté. Mais Margherita reste dans l'ombre de sa sœur, et ne gagne qu'un cinquième de son salaire. Le départ d'Adriana lui permet d'occuper le premier plan.
La chanteuse se rend à Vienne en 1630 pour rejoindre l'impératrice Eleonora, de la famille Gonzaga justement. On l'entend avec succès jusqu'à Regensburg, puis la Basile retrouve Mantoue entre 1632 et 1636, se faisant même octroyer des terres. Elle fait partie de la chapelle de l'impératrice jusqu'en 1641, et gagne la coquette somme de 2000 florins par ans à partir de 1637. Margherita y côtoie une autre chanteuse vedette transfuge de Mantoue, Lucia Rubini. Les deux chanteuses sont conviées à Varsovie pour des noces royales en 1637-38, soulevant beaucoup d'intérêt. Margherita interprète notamment le rôle titre de La Santa Cecilia, et participe à un fabuleux ballet intitulé Africa supplicante. Incarnant l'Afrique, elle chante sa partie juchée sur un éléphant qui s'accroupit devant le roi de Pologne.
On ignore ce qu'elle devient après 1641. Outre sa sœur Adriana, Margherita compte parmi d'autres artistes dans sa fratrie : compositeurs, chanteurs ou poètes. Son frère Francesco sera notamment ténor à la cour royal de Pologne.